วัตถุประสงค์ของการอุดคลองรากฟัน เพื่อให้วัสดุอุดคลองรากปิดกั้นทางติดต่อระหว่างภายในและภายนอกคลองราก และแนบสนิทโดยตลอดกับผนังคลองรากฟัน ทั้งนี้เพื่อป้องกันไม่ให้เชื้อแบคทีเรียที่อาจหลงเหลือในท่อเนื้อฟันออกมา เพิ่มจำนวนภายใต้สภาวะที่เหมาะสมภายในคลองรากฟันหรือออกสู่เนื้อเยื่อปลายรากฟัน ซึ่งจะก่อให้เกิดการอักเสบ หรือรอยโรคกับเนื้อเยื่อรอบราก การที่คลองรากฟันจะได้รับการอุดที่สมบูรณ์ทั้ง 3 มิตินั้น คลองรากฟันจะต้องได้รับการขยายทำความสะอาดได้อย่างดีและใหญ่พอที่จะนำ วัสดุอุดคลองรากฟันเข้าไปอุดได้อย่างสมบูรณ์

การประเมินความสมบูรณ์ของ วัสดุอุดคลองรากฟันในทางคลินิกคงจะได้จากภาพรังสีเพียงอย่างเดียวโดยตรวจสอบ ลักษณะความแน่นของวัสดุอุดจากเงาเข้มสีขาวภายในคลองรากฟันของภาพรังส ีในแนวใกล้กลางไกลกลาง และความยาวของวัสดุอุดคลองรากฟัน ซึ่งสิ้นสุดที่ระดับรอยคอดปลายราก หรือห่างจากปลายรากบนภาพรังสี ประมาณ 0.5-1 มม. โดยปรกติความล้มเหลวของการรักษาคลองรากฟันที่มีสาเหตุจากการรักษาคลองราก เพียงอย่างเดียวโดยไม่มีปัจจัยอื่นซึ่งเนื่องจากการใส่ฟัน หรือโรคปริทันต์เข้ามาร่วมนั้น จะปรากฏภายในระยะเวลาสั้นประมาณ 6 เดือนถึง 1 ปี ภายหลังการรักษา โดยอาจจะมีอาการหรือมีรอยโรคของเนื้อเยื่อที่บริเวณปลายรากร่วม

การที่คลองรากฟันอุดได้ไม่สมบูรณ์ที่บริเวณปลายรากนั้นจะทำให้เกิดเป็นช่องเล็กๆ ซึ่งของเหลวบริเวณปลายราก จะซึมผ่านเข้าไปในคลองรากฟัน ของเหลวเหล่านี้จะเป็นอาหารที่เหมาะสมในการเจริญเติบโต ในการเพิ่มจำนวนของแบคทีเรีย ที่อาจจะมีหลงเหลืออยู่ภายในคลองรากจากนั้นแบคทีเรียและพิษ ก็จะซึมผ่านออกมาที่เนื้อเยื่อปลายรากฟันทำให้เกิดการอักเสบ เมื่อมีกระบวนการอักเสบขึ้นก็จะทำให้เกิดหนองและเซลล์ตายจึงยิ่ง เป็นการเพิ่มสภาพแวดล้อม ที่เหมาะสม ที่จะทำให้แบคทีเรียเพิ่มจำนวนและความรุนแรงมากยิ่งขึ้น โดยจะปรากฏให้เห็นถึงความล้มเหลวของการรักษาในระยะเวลาสั้นหรือยาวภายหลัง การรักษาขึ้นอยู่กับความต้านทานของผู้ป่วยแต่ละคน

การรั่วซึมจากส่วนบน ไม่ว่าจะเป็นการรั่วเนื่องจากการแตกหรือหลุดของวัสดุอุดชั่วคราวหรือถาวรก็ตาม หรือแม้แต่ขอบของครอบฟันรั่วไม่แนบสนิทกับเนื้อฟัน ล้วนแต่เป็นสาเหตุให้น้ำลายหรือแบคทีเรียซึ่งมีจำนวนมากมาย ตลอดจนเศษอาหารเข้าไปสะสมและแทรกซึมเข้าไปในคลองรากฟัน ทำให้ซีลเลอร์ที่เคลือบอยู่รอบแท่งกัตตาเปอร์ชาละลายซึ่งเป็นช่องทางที่จะให้แบคทีเรีย และพิษซึมออกสู่เนื้อเยื่อ ปลายรากเกิดรอยโรคที่ปลายรากหรือมีอาการทางคลินิก ดังนั้นถ้าผู้ป่วยมาพบในสภาพเช่นนี้ ควรตัดสินใจรื้อวัสดุอุดคลองรากเดิมออกรักษาใหม่แล้วค่อยทำครอบฟัน หรืออุดฟันถาวรต่อไป