วัสดุอุดคลองรากฟันสั้นกว่าปลายราก การอุดได้ไม่ถึงปลายราก อาจเนื่องจากขยายคลองรากฟันสั้น หรืออุดได้ไม่ถึงตำแหน่ง ที่ได้ขยายไว้ การอุดขาดจะทำให้เหลือ สิ่งสกปรก และเชื้อแบคทีเรียในช่องว่างนั้น ถึงแม้จะด ูเหมือนว่าเกิดผลเสียหาย ได้น้อยกว่าการอุดเกิน ในระยะต้น แต่ในระยะยาว ถ้ามีการสะสม และเพิ่มจำนวนของแบคทีเรีย ก็จะทำให้เกิด ความล้มเหลวในการรักษาได้เช่นกัน การอุดคลองรากฟัน ควรจะอุดได้เต็ม สมบูรณ์ในทุกส่วน ของคลองรากฟันใหญ่ ตลอดความยาว คลองรากที่ได้ขยายไว้ สำหรับรากฟันเล็กๆ เช่น บริเวณช่องรากฟัน กรามล่าง เป็นต้น คงจะเป็นการยาก ที่จะเอาเครื่องมือเข้า ไปขยายหรือนำวัสด ุเข้าไปอุด ในส่วนนั้นได้ ส่วนใหญ่มักพบซีลเลอร์ เข้าไปในคลองราก เหล่านี้มากกว่ากัตตาเปอร์ชา ดังนั้นการล้างด้วยน้ำยา ล้างคลองราก จำนวนมาก พอสมควรในระหว่าง การขยายคลองรากฟัน จะมีส่วน ในการช่วยละลายเนื้อเยื่อ ในตลอดทั้งกำจัดแบคทีเรีย ที่อยู่ตามคลองรากเล็กๆ เหล่านี้ได้ การขยายคลองรากฟัน ได้อย่างสะอาด พร้อมทั้งอุดคลองราก ได้อย่างสมบูรณ์ จะช่วยให้ รอยโรคที่มีในบริเวณ ด้านข้างของคลองรากฟัน ซึ่งเกิด เนื่องจากคลองรากฟันเล็กๆ ที่เปิดออก สู่เนื้อเยื่อรอบรากหาย ได้เช่นเดียวกับ รอยโรคที่เกิดในบริเวณปลายราก  การตัดสินใจอุดคลองรากฟันในกรณีทั่วๆ ไปนั้นจะต้องประกอบด้วย 2 ปัจจัยที่สำคัญคือ ผู้ป่วยต้อง ไม่มีอาการปวด และภาวะของเนื้อเยื่อ ปลายรากต้องอยู่ในสภาพ ที่ดีไม่มีการอักเสบ ตลอดทั้ง ไม่มีหนองหรือของเหลวรอบเนื้อเยื่อ ปลายรากไหล ซึมเข้าไปในคลองรากฟัน ตลอดเวลาก่อนอุด คลองรากควรล้าง และซับคลองราก ให้แห้ง