ฟันที่จะต้องรักษาคลองรากฟัน นั้นเป็นการรักษาฟัน ที่มีการติดเชื้อลุกลามถึงโพรงประสาทฟัน และอาจลามไปถึงปลายรากฟัน หรืออาจเกิดจากกรณีอื่นก็ได้ โดยทันตแพทย์จะพิจารณาเป็นรายๆไป

ขั้นตอน แรกทันตแพทย์จะวินิจฉัยฟันซี่นั้นก่อน โดยก่อนการรักาาจะต้องมีการเอ็กซเรย์ เพื่อดูลักษณะของฟัน รูปร่าง โพรงประสาทฟันดูจำนวนคลองรากฟัน และตลอดจนทางเข้าคลองรากฟันด้วย ในกรณี ที่ฟันมีชีวิตอยู่ ก็จะต้องมีการให้ยาชา เพื่อให้ฟันหมดความรู้สึกเสียก่อนแล้วจึงจะทำการรักษาต่อไป ในกรรีที่ฟันซี่นั้นไม่มีชีวิต ก็สามารถให้การรักษาได้เลย โดยการกรอเข้าไปในโพรงประสาทฟัน โดยฟันหน้าจะกรอทางด้านหลังตัวฟัน ส่วนฟันหลังจะกรอจากด้านบดเคี้ยว เพื่อเป็นการปิดทางเข้าสู่คลองรากฟัน

แล้วจะใช้เครื่องมือดึงเส้นประสาทฟัน รวมทั้งหลอดเลือดในโพรงประสาทฟัน และใช้เครื่องมือวัดความยาวของคลองรากฟัน โดยใช้ภาพเอ็กซเรย์เป็นเครื่องช่วยวัดความยาวคลองรากฟัน เมื่อได้ขนาดความยาวคลองรากฟัน ก็จะทำการขยายคลองรากฟันให้กว้างขึ้นเท่าที่สามารถทำได้ เพื่อเป็นการทำความสะอาดผนังคลองรากฟัน เป็นการกำจัดเชื้อโรคที่ลุกลามเข้าไปในคลองรากฟันที่ไปเกาะกินผนังคลองรากฟัน และเป็นการทำให้ผนังคลองรากฟันเรียบขึ้น ทำการล้างคลองรากฟัน ด้วยน้ำยาโดยฉีดเข้าไปในคลองรากฟันเป็นการฉีดล้างจากนั้นก็ใส่น้ำยาฆ่าเชื้อ ปิดไว้ประมาณ 2-3 วัน แล้วกลับมาเปลี่ยนน้ำยาฆ่าเชื้อใหม่

ซึ่งจะทำไม่กี่ครั้งจนแน่ใจว่าเชื้อในคลองรากฟันถูกกำจัดออกไปมาก จึงทำการอุดด้วยวัสดุที่เป็นแท่งยาง อุดให้เต็มคลองรากฟัน ไม่มากจนเกินปลายราก โดยยึดกัยซีเมนต์สำหรับอุดคลองรากฟัน ทางทันตกรรม และรอดูสักระยะ ถ้าฟันซี่นั้นไม่ปวดก็จะทำการอุดตัวฟันต่อไป จะเห็นได้ว่าการรักษาคลองรากฟัน เป็นเรื่องที่ต้องเสียเวลา เสียค่าใช้จ่ายสูง ถึงแม้ในขณะนี้การรักษาคลองรากฟัน ในทันตแพทย์ บางคนอาจจะใช้เวลาครั้งเดียวเสร็จ แต่ก็ยังเสียค่าใช้จ่ายสูง

ดังนั้นเพื่อไม่ให้ต้องรักษาคลองรากฟัน เราควรดูแลและทำความสะอาดฟันโดยแปรงฟันให้ถูกวิธี เราก็จะหลีกพ้นจากการรักษาคลองรากฟันได้