รักษาคลองรากฟันใหม่ ไม่ว่าจะโดยเปิดเข้าทางตัวฟัน หรือการทำศัลยกรรมปลายรากมีหลักการที่ต้องนำมาพิจารณาร่วมคือ 

1 คุ้มหรือไม่ที่จะรื้อวัสดุที่อุดในส่วนบนที่ดีออก ส่วนใหญ่มักเป็นเดือยและครอบฟันซึ่งอาจจะเสี่ยง ต่อการแตกของรากฟันที่ค่อนข้างบาง เพื่อให้เครื่องมือเข้าไปทำความสะอาดภายในคลองรากฟัน ได้การทำศัลยกรรมอุดย้อนปลายรากจะปลอดภัยกว่าหรือไม่? 

2 จำเป็นหรือไม่ต้องรักษาคลองรากฟันใหม่เพียงแค่วัสดุอุดคลองรากฟัน อาจจะ ไม่สมบูรณ์ตามหลักการ  ทั้งๆที่ผู้ป่วยเคยได้รับการรักษามา เป็นเวลานานโดยไม่มีอาการปวด  ไม่มีการอักเสบของเนื้อเยื่อรอบๆ รากปรากฏให้เห็นตลอดทั้งภาพรังสีของบริเวณปลายราก อยู่ในขอบเขตที่ปรกติและ ไม่มีความจำเป็นต้องทำเดือย หรือครอบฟันใหม่

3 ได้มีการวินิจฉัยสาเหตุของความล้มเหลวในการรักษาได้แน่ชัดแล้วหรือ ก่อนที่จะตัดสินใจรักษาใหม่ไม่ว่าวิธีใดก็ตาม เพราะฟันบางซี่ที่รักษาแล้วมีอาการปวดหรือเจ็บมีสาเหตุมาจาก โรคปริทันต์ที่ไม่ได้ดูแลภายหลังการรักษาคลองรากฟันเรียบร้อย ในครั้งแรก  การรักษาคลองรากฟันไม่ได้เป็นสาเหตุของความล้มเหลม หรือกรณีที่มีรากฟันแตกแต่กลับไปรื้อเดือยและครอบฟันเพื่อรักษาใหม่ ซึ่งเป็นการรักษาที่ผิดทางเพราะฟันประเภทน ี้ควรจะทำการผ่าซีกหรือตัดรากที่แตกออก ในกรณีที่มีหลายรากหรือถอนออกมากกว่าเก็บไว้ (ดูรายละเอียดเรื่องรากฟันแตกในแนวดิ่ง)

4 ที่สำคัญที่สุดคือความร่วมมือของผู้ป่วยต่อการรักษาครั้งใหม่ เพราะการรักษาครั้งใหม่นี้ทำเพื่อแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้น ภายหลังการรักษาในครั้งแรกเพราะฉะนั้นขั้นตอน ในการรักษาจะยุ่งยากและเสียเวลาในการไปพบแพทย์หลายครั้ง ควรอธิบายให้ผู้ป่วยรับทราบก่อนเริ่มการรักษา และอาจจะต้องอธิบายล่วงหน้าถ้าคาดการรักษาใหม่น ี้อาจจะต้องทำศัลยกรรมอุดย้อนปลายรากร่วมภายหลังจากลอง รักษาใหม่โดยวิธีปรกติแล้วมีแนวโน้มที่ไม่ดีขึ้น นอกจากนี้ผู้ป่วยควรจะได้รับทราบถึงค่าใช้จ่าย ในการรักษายกเว้นเป็นการแก้ไขงานซึ่งทันตแพทย ์ผู้รักษาเคยทำไว้ตั้งแต่ครั้งแรก สิ่งเหล่านี้จะช่วยให้ผู้ป่วยตัดสินใจได้ว่า จะยอมรับการรักษาใหม่หรือจะถอนฟันซี่นั้น เพราะการรักษาใหม่จะไม่ประสบผลสำเร็จเลย ถ้าไม่ได้รับความร่วมมืออย่างดีจากผู้ป่วย